C’est en 1874 que la manufacture Théodore Puget Père et Fils de Toulouse construit un orgue pour la chapelle du collège Sainte Marie. Ce dernier, fondé par les révérends pères jésuites – place Saint-Sernin à Toulouse – le 8 novembre 1850, connut un tel succès que l’on y ouvrit en 1868 un cours préparatoire à Saint Cyr, puis à Polytechnique, en 1871.

Omer Guiraud, organiste de l’insigne basilique Saint Sernin, en fait l’appréciation suivante dans ses commentaires sur le devis établi en 1875 par les Puget pour le nouvel orgue de Notre-Dame du Taur à Toulouse : Après avoir pris une connaissance approfondie du devis, je suis heureux de me joindre à ceux de mes collègues qui l’ont déjà signé, et je déclare l’approuver entièrement, persuadé que je suis que si les jeux ci-dessus possèdent les qualités de son que nous avons déjà remarqué [sic] à St Vincent de Carcassonne, au collège Ste Marie, à l’orgue d’accompagnement du Taur et à ce qui se fait en ce moment à celui de St Sernin, le grand orgue du Taur possédera des qualités supérieures qui le mettront au même niveau des instruments précédents.

L’instrument est inauguré le 15 novembre 1874 par Joseph Leybach, organiste de la métropole toulousaine, qui en sera très satisfait. Sa disposition est en tous points similaire à celle de l’orgue de chœur de Saint-Pierre des Chartreux à Toulouse (1877), à l’exception de sa Clarinette 4’ absente aux Chartreux.

Le 29 mars 1880, Jules Ferry, ministre de l’éducation, impose aux jésuites l’évacuation de toutes les maisons d’éducation qu’ils possèdent en France, le collège Ste Marie n’y fait pas exception.

L’orgue fut dans un premier temps destiné à la cathédrale d’Andohalo à Tananarive (Madagascar) par Jean-Baptiste Cazet. Celui-ci, né en 1827, reçut sa formation au noviciat de la Compagnie de Jésus à Toulouse. Il est ordonné prêtre en 1861, et vient s’établir à Tananarive en 1872. Il est sacré évêque à Lourdes en 1885, retourne à Tananarive, et célèbre sa première grand-messe pontificale pour la fête de Pâques en 1886, dans sa cathédrale inachevée dont il avait béni la première pierre le 8 mai 1873. Celle-ci fut finalement consacrée le 17 décembre 1890. La finition des travaux de la cathédrale, l’impossibilité pour Eugène Puget d’aller livrer l’instrument à Madagascar et autres atermoiements eurent finalement raison de ce projet.

Sur les conseils d’Omer Guiraud à l’abbé Charles de Guillebert des Essars, son élève et ami, vicaire à Montastruc, l’orgue fut finalement acquis par cette paroisse pour la somme de sept mille francs auxquels s’ajoutèrent mille francs pour la pose de l’orgue et mille autres pour la création d’une nouvelle façade adaptée aux dimensions de l’église. Il est frappant de constater la similitude de celle-ci avec celle de l’orgue Cavaillé-Coll de l’église de La Madeleine à Paris !

L’orgue nouvellement installé par Eugène Puget fut inauguré le 1er août 1886 par Omer Guiraud qui fit ressortir toutes les qualités de ce magnifique instrument.
Notons au passage que la cathédrale de Tananarive reçut un orgue neuf de 14 jeux, construit par Eugène Puget et réceptionné dans les ateliers toulousains le 19 août 1889 par le R.P. Comire, délégué de Sa Grandeur Monseigneur Jean-Baptiste Cazet.

En 1928, l’orgue fut pneumatisé par Maurice Puget en greffant sur la mécanique d’origine des relais pneumatiques sous les sommiers. Il fut ensuite relevé en l’état par Paul Manuel en 1976.
Enfin, ce qu’il restait de la mécanique des notes a été éliminé par Bernard Thourel, il y a une dizaine d’années, pour l’installation d’un système électrique actionnant les relais pneumatiques de Maurice Puget.