Si l’église des Minimes date du début du XVIe siècle, l’orgue des Minimes a lui été construit par le facteur d’orgues Pierre Vialle en 1991. Ce petit instrument « intemporel », dans son très beau buffet hispanisant, présente assurément un caractère très attachant. Son emplacement en encorbellement sur le côté de l’église fait penser aux cantorias d’Europe du sud. C’est un instrument qui sonne bien pour les répertoires anciens du XVIe au début du XVIIe siècles. L’orgue a été inauguré par Yasuko Bouvard, le dimanche 14 avril 1991. Un relevage par Jean Daldosso a été effectué en 2004. L’objectif était de remettre l’orgue dans un état de fonctionnement mécanique satisfaisant, et lui donner un caractère polyphonique plus affirmé. Des interventions ont eu lieu sur la composition (coupure en basses et dessus des jeux de Montre 8’, Prestant 4’ et trompette), la disposition des mixtures, l’harmonisation, ainsi que sur l’accord avec la mise en place d’un tempérament mésotonique pur.

L’église des Minimes a été consacrée en 1503, son clocher a été terminé en 1546. D’autres travaux (construction du collatéral sud) sont effectués entre 1628 et 1644. Endommagée à la Révolution, l’église est alors transformée en minoterie et son clocher abattu, elle est rachetée en 1851 et rouverte au culte en 1852. Le clocher actuel a été reconstruit en 1892. En 1895, Anneessens & Fils de Halluin (Nord) installent un orgue de 18 jeux à transmission pneumatique. Il a été réceptionné le jeudi 27 juin 1895 par une commission composée, entre autres, d’Omer Guiraud, organiste de la basilique Saint-Sernin et de Raymond de Lescazes, organiste de Saint-Jérôme. Grand-Orgue (54 notes) : Montre 16’, Bourdon 16’, Montre 8’, Flûte harmonique 8’, Bourdon 8’, Prestant 4’, Plein-je, Trompette 8’, Clairon 4’ Récit expressif (54 notes) : Flûte harmonique 8’, Bourdon 8’, Violon 8’, Voix céleste 8’, Flûte octaviante 4’, Trompette 8’, Basson-Hautbois 8’, Voix humaine 8’ Pédalier (27 notes) : Contrebasse 16’, soubasse 16’, Flûte 8’ Pédales de combinaisons : Tirasses GO & Réc, Réc/GO, Octave aiguë GO, Combinaison GO, Combinaison Récit, Expression Récit Devenu injouable, une association est crée en 1986 afin d’envisager la construction d’un orgue neuf. Le projet de Pierre Vialle du 27 janvier 1987 a été adopté. L’instrument a été financé pour moitié par l’association et par les subventions accordées par la Ville de Toulouse et la DRAC de Midi-Pyrénées, sous la maitrise d’œuvre de Jean-Pierre Decavèle. L’orgue a été inauguré par Yasuko Bouvard, le dimanche 14 avril 1991.
Au bout de deux décennies, l’orgue présentait des dysfonctionnements, et notamment des fuites d’air. En 2014, le facteur Jean Daldosso de Gimont (Gers) a effectué un relevage complet de l’instrument. La soufflerie a été complétée d’un deuxième soufflet cunéiforme et l’alimentation en vent a été restaurée. Au Grand-orgue, les jeux de Montre 8’, Prestant 4’ et Trompette 8’ ont été divisés en Basses/Dessus et la Trompette 8’ en chamade a été restaurée. Ces travaux ont été financés par la ville de Toulouse. En 2017, Jean Daldosso a ajouté un jeu de Régale 16’ à la Pédale, grâce au financement de l’Association des Amis des Orgues des Minimes. En 2020, il a remplacé le Plein-jeu IV du Grand-orgue par un Plein-jeu V neuf. Il a également installé un mécanisme de première octave courte débrayable aux claviers manuels. Ces travaux ont été financés par l’Association ‘Chamada Tolosa’.