Le 28 juillet 1684, le Chapitre de l’Abbaye Saint-Michel de Gaillac décide d’acheter des orgues au Sieur Salvy, marchand à Rodez. L’instrument se compose d’un grand clavier de 9 jeux, d’un cornet d’écho et d’un pédalier d’une octvae. À partie de 1755, l’orgue devient l’objet des soins attentifs de la famille Cavaillé. L’Abbé de Saint-Michel traite avec le Frère Joseph Cavaillé sa réparation et sa remise en bon état. L’orgue conserve sa composition primitive, mais le clavier est porté à 48 touches. En 1824, Dominique Cavaillé-Coll entreprend la réfection de l’instrument. Après ces travaux, la disposition de l’orgue est la suivante :
1er clavier (Positif) 54 notes : 9 jeux
2e clavier (Grand Orgue) 54 notes : 14 jeux
3e clavier (Récit) 37 notes : 6 jeux
Pédale 19 notes

En 1842, la Maison Daublaine et Callinet y fait quelques réparations. Le facteur Puget de Toulouse en assure l’entretien au cours du XIXe siècle. L’orgue subit à ce moment-là quelques modifications qui le desservent. Malgré ces quelques retouches malheureuses, l’orgue de Saint-Michel, seul témoin peu modifié de la facture des vieux Cavaillé, suscite, par la sonorité de ses jeux anciens, l’admiration des musiciens. “”J’ai joué cet orgue avec une douce émotion”” écrit Marcel Dupré au lendemain de son passage à Gaillac. Sous l’impulsion de Xavier Darasse, rapporteur pour la Commission Supérieure des Monuments Historiques, une restauration a été réalisée par la Maison Boisseau en 1973.

En 1969, l’orgue est classé Monument Historique pour sa partie instrumentale.