Cette église, d’une belle architecture, contient un orgue remarquable de 1887, dû à la dynastie toulousaine des Puget. Entre l’orgue classique français de la cathédrale et l’instrument post-romantique de Saint Salvy, l’orgue de la Madeleine reste, à Albi, le principal représentant de la grande facture romantique.

Les Puget réalisèrent un buffet remarquable, en deux corps réunis par un entablement supérieur. L’ensemble, de style néo-baroque est parfaitement adapté à l’architecture de l’église. La partie instrumentale est aussi d’une beauté exceptionnelle. L’instrument ne contenait initialement que 15 registres, mais il était conçu pour 20. Il fut finalement porté à 22 jeux en 1898, toujours par la maison Puget.

Cet instrument d’une exceptionnelle qualité musicale est d’autant plus précieux qu’il est parfaitement authentique, n’ayant jamais été transformé depuis sa construction. Son état actuel de fatigue nécessite cependant une restauration approfondie. L’orgue a classé monument historique en sa totalité (buffet et partie instrumentale) en 2007.

En 1851, l’église fut construite sur les plans de l’architecte toulousain Rivet et fut consacrée le 11 juin. La construction d’un orgue est envisagée dès 1852, mais la priorité est finalement donnée aux travaux d’embellissement.

En 1864, des bienfaiteurs offrent à l’église un harmonium Debain (ce très bel instrument est toujours en place et mériterait lui aussi une restauration). Et en 1886, la paroisse Saint Joseph d’Albi rachète (pour 6 000 F) l’orgue Thiébaut Maucourt du jubé de la cathédrale d’Albi, suscitant une farouche réaction du conseil paroissial de la Madeleine : «  »L’église curiale de la Madeleine ne doit pas se laisser dépasser par la succursale » ». Cette «  »querelle de clochers » » aura un heureux épilogue, puisque la paroisse de la Madeleine se décide à acquérir un orgue neuf ! Les négociations avec la manufacture Puget commencent (marché conclu le 24 novembre, pour 15 000 F).

En 1887, un grand orgue est construit sur la tribune, par la maison Théodore Puget père et fils (en fait, l’instrument est dû à Eugène Puget, premier successeur de Théodore qui était décédé en 1883). L’instrument, à traction mécanique, comporte alors 15 jeux sur deux claviers, mais est prévu pour 20 jeux. L’inauguration a lieu le 18 décembre 1887, à l’occasion des noces d’or sacerdotales de l’Abbé Michau, curé de la paroisse. Lors de cette construction, du matériel de Moitessier (plusieurs jeux, mais aussi le sommier du grand orgue et probablement les claviers) est réutilisé.

En 1898, l’Abbé Calmettes, successeur de l’Abbé Michau, annonce au conseil paroissial qu’un don permet d’envisager de compléter l’orgue. L’instrument est porté à 22 jeux (au lieu des 20 initialement prévus), dont 4 jeux de pédale, par Jean-Baptiste Puget (frère et successeur d’Eugène Puget, décédé en 1892). Le sommier de pédale construit à cette occasion est à traction pneumatique (système dont les Puget se firent les promoteurs après 1893). Ces travaux sont terminés en mars 1899, mais ne seront inaugurés que le 24 septembre 1899 par Adolphe Marty. En 1931, un ventilateur électrique fut installé d’après le registre des Puget.

Pour permettre de mieux placer la chorale paroissiale, on envisage, en 1945, de reculer le buffet vers l’arrière de la tribune. Devant la difficulté de la tâche, l’affaire se conclut par un relevage et une réharmonisation de l’instrument par Maurice Puget. Le 16 juin, l’orgue est ainsi réharmonisé avec un récital de Marcel Dupré

En 1990, l’orgue est devenu quasiment injouable. L’Association des Amis de l’Orgue de la Madeleine d’Albi (ADOMA) est constituée, et récolte les fonds nécessaires à une remise en état de marche, qui est effectuée par le facteur d’orgues Paul Manuel. L’instrument retrouve la fraîcheur de ses sonorités, mais une restauration en profondeur s’impose. Une vie musicale s’organise néanmoins autour de l’instrument, avec des concerts donnés régulièrement par des organistes de talent.

En 2000, il eut une restauration complète des claviers (remplacement des ivoires trop usés, replaquage, suppression du jeu latéral des touches), une réparation et un réglage de la traction mécanique par le facteur d’orgues Gérard Bancells. La canicule et la sécheresse de 2003 font leur œuvre : fuites d’air et emprunts généralisés rendent une restauration complète des sommiers de plus en plus indispensable.

Suite à l’avis de la commission des orgues historiques lors de sa séance de décembre 2006, l’orgue est classé Monument Historique en sa totalité (arrêté du 10 juillet 2007)

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