Acquis au nom de l’État par commande du Ministre des Cultes et construit par Aristide Cavaillé-Coll, l’orgue de chœur de la cathédrale Saint-Etienne a été livré le 26 mai 1868. L’instrument fut réceptionné par Charles-Marie Widor, alors organiste à Lyon, tout juste âgé de 24 ans. En 1879, à l’occasion des travaux de restauration du grand orgue, Eugène Puget relève l’orgue de chœur. L’orgue a été relevé une première fois par Eugène Puget puis une seconde fois par Claude Armand. Enfin, en 2008, une restauration est confiée à Hubert Brayé : l’instrument, restauré dans toutes ses parties, retrouve sa disposition d’origine avec ses deux flûtes coupées au ton. L’orgue de chœur est classé Monument Historique pour son buffet et sa partie instrumentale en 2004.