L’orgue actuel est remarquable avec ses 27 jeux répartis sur 3 claviers manuels de 56 notes et pédalier, c’est-à-dire environ 1 500 tuyaux. Il a été réalisé en 1887 par la maison Théodore Puget.
À l’origine, il s’agit du tout premier orgue construit par Théodore Puget, en 1842, alors qu’il était représentant de la manufacture Milacor de Paris. Cet orgue est d’abord agrandi en 1866 par les facteurs Gracien & Paulinier mais l’orgue resta inachevé à cause du décès de Gracien.
C’est Poirier & Lieberknecht qui sont chargés de terminer l’orgue qui va alors être refait presque entièrement en 1870. Puget reprend l’orgue en 1886, modifie la mécanique et le réharmonise totalement, si bien que ses caractéristiques sonores sont propres à ce que faisait Puget à cette époque, malgré le fait que les deux tiers des jeux soient de Poirier. Il y a une très bonne adéquation entre l’édifice (et son acoustique) et l’orgue. Le répertoire romantique tardif y sonne très bien.
Il a été récemment classé monument historique.

En 1841, la Fabrique de Saint-Exupère décide d’acquérir un orgue et elle s’adresse à l’Entreprise Générale des Orgues Milacor et des Grandes Orgues d’Église à Paris, laquelle lui fait des offres avantageuses. Cette maison est représentée à Toulouse par les facteurs Théodore Puget et Jean Foch. C’est Théodore Puget qui installe l’orgue à fleur de tribune avec console à l’arrière. Il est inauguré en juin 1842. Puget s’engagera à jouer l’orgue gratuitement durant 6 ans.

En 1855, des réparations sont effectuées par le facteur albigeois Dubois. En 1858, les facteurs Poirier & Lieberknecht sont sollicités pour entretenir l’instrument. En 1864, il fut décidé de refaire la tribune qui menaçait de tomber en ruine. Un projet est présenté par Aristide Cavaillé-Coll pour un orgue de 26 jeux d’un coût de 26.000 francs, payables à réception. La Fabrique n’ayant pu obtenir de paiements échelonnés renonce alors à ce projet.

Le marché sera attribué aux facteurs Gracien & Paulinier qui proposent d’ajouter quatre jeux à la pédale et un au Grand Orgue. L’orgue, inachevé, fut réceptionné en décembre 1866. Gracien décéda au cours de l’année 1868 et la Fabrique s’adressa à nouveau à Poirier & Lieberknecht pour terminer l’orgue. Les travaux sont réceptionnés le 2 juin 1870. Les facteurs ont modifié assez considérablement l’instrument.

I – Grand-Orgue (54 notes) : Bourdon 16’, Flûte 8’, Bourdon 8’, Salicional 8’, Prestant 4’, Doublette 2’, Plein-jeu 5 rangs, 1ère Trompette 8’, 2ème Trompette 8’, Clairon 4’
II – Récit expressif (54 notes) : Flûte Kerolophon [sic] 8’, Gambe 8’, Voix céleste 8’, Flûte octaviante 4’, Octavin 2’, Trompette 8’, Basson-Hautbois 8’, Voix humaine 8’
Pédalier (20 notes) : 5 jeux dont Bourdon 16’, Flûte 8’, Basson 16’, Trompette 8’ ( ?)
7 pédales de combinaisons

En 1885, Eugène Puget reconstruit l’orgue en conservant une grande partie de la tuyauterie de Poirier. Il installe une mécanique neuve avec machine Barker pour le Grand Orgue, ainsi qu’une console neuve à trois claviers. Le nouveau clavier d’Accompagnement fait parler un jeu de Clarinette et les jeux de fonds du clavier de Grand Orgue, sur un sommier unique à gravures alternées. Il modifie considérablement la composition, repense l’alimentation, et harmonise l’ensemble du matériel sonore. L’orgue est inauguré le 25 avril 1886 par Joseph Berny, organiste titulaire.

De nouveaux travaux sont entrepris en 1903 par la Maison Puget, qui installe une transmission tubulaire au Récit, installe la Clarinette du clavier d’Accompagnement à la place de l’Octavin du Récit déplacé sur un sommier pneumatique et installe un Unda maris neuf sur la chape restée libre au premier clavier.

En 1934, Maurice Puget décale le Salicional en 4’, remplace l’Unda maris par un Nazard et la Bombarde du Grand-Orgue par une Tierce 1’3/5 (!). Les facteurs Louis-Eugène Rochesson, Paul Manuel (1981), et Dominique Leboucher (1984-85, relevage de l’orgue) entretiendront ensuite l’instrument.

Un nouveau relevage est effectué en 2009 et 2010 par Jean Daldosso. L’orgue retrouve alors la disposition que lui avait donnée Eugène Puget, à l’exception de la Bombarde disparue.

Texte de Jean-Claude Guidarini