L’église des Saints-François de Montpellier a été reconstruite en 1995, et l’orgue de l’ancienne église n’a pu être réutilisé compte tenu de son état, et de l’architecture de la nouvelle église.
Le projet de construction d’un nouvel orgue en l’église des Saints-François à Montpellier, s’est orienté vers un instrument d’esthétique ibérique car il n’existait pas à Montpellier et dans le Languedoc de tel instrument. L’orgue proposé par les Frères Desmottes n’est pas une copie d’un orgue historique ; s’inspirant pour une part d’instruments espagnols (entre la fin du 17e et le 18e siècle), il propose également une configuration spécifique (principalement par l’ajout d’un second clavier) qui permettra une ouverture vers le répertoire polyphonique européen ancien.
La conception de l’instrument présente toutes les caractéristiques de « l’hispanité » jusque dans tous les détails.
La construction de l’orgue dans les ateliers a eu lieu entre janvier 2010 et octobre 2011, puis l’instrument a été installé dans l’église des Saints-François en novembre 2011 et inauguré le 12 mai 2012.

Le projet retenu comprend un premier plan sonore typiquement espagnol du XVIIIe siècle, avec registres coupés en basses et dessus et une composition caractéristique de cette époque avec présence de jeux en chamade.
Pour augmenter les possibilités musicales de l’instrument, l’orgue comprend un second clavier également coupé en basses et dessus, comprenant une synthèse de flûtes, un cornet d’écho et une anche, qui pourront se mêler ou s’opposer au clavier principal. La pédale est dotée d’un pédalier moderne et d’un jeu de 16 pieds (en attente), qui complétera les possibilités de l’orgue. Cette composition présente en effet des possibilités d’exécution tout à fait satisfaisantes pour faire face à un maximum d’opportunités : une grande partie de la littérature d’orgue pourra y être jouée, avec une prédilection pour la musique ancienne en général, ibérique et flamande en particulier. La musique contemporaine pourra y trouver sa place, seule la littérature symphonique du XIXe siècle sera moins bien servie par cette esthétique. (Mais il existe de nombreux instruments sur Montpellier ou la périphérie répondant à cet objectif).
L’orgue à tout jouer n’existe pas, mais celui-ci, malgré son esthétique tournée vers l’Espagne sera un partenaire précieux pour l’étude, grâce à ses possibilités très complètes, et aussi pour le concert, soit comme soliste, soit comme accompagnateur du chant ou des instruments.