L’orgue aujourd’hui en place se trouvait à l’église Saint-Jacques (ancienne cathédrale de Montauban) jusqu’en 1741, date à laquelle il fut transféré en la nouvelle cathédrale. L’orgue avait été construit par un facteur d’orgues anglais nommé Hew en 1672.
L’orgue fut classé Monument Historique pour son buffet en 1906 et pour sa partie instrumentale en 1991.

La construction de l’imposante cathédrale Notre-Dame de Montauban débuta en 1691, sous le règne de Louis XIV, d’après les plans de François d’Orbay. La mort de l’architecte entraîna son remplacement par Jules Hardouin-Mansart, architecte du roi, qui modifia le dessin primitif. Robert de Cotte acheva l’édifice qui fut consacré le 10 avril 1739.
L’orgue aujourd’hui en place se trouvait à l’église Saint-Jacques (ancienne cathédrale de Montauban) jusqu’en 1741, date à laquelle il fut transféré en la nouvelle cathédrale.

Cet orgue avait été construit en 1672 par un facteur anglais nommé Hew. L’instrument (2 claviers et pédale, 25 jeux) était enfermé dans le superbe buffet à deux corps muni de volets (disparus aujourd’hui). Jean-Pierre Cavaillé effectua des réparations en 1770. L’orgue comptait 28 jeux répartis entre trois claviers. Entretenu jusqu’à la Révolution par Cavaillé, l’orgue de la cathédrale de Montauban traversa le XIXe siècle pratiquement sans intervention.

Le grand orgue devenu muet, Vincent Cavaillé-Coll édifia en 1873 l’orgue de choeur pour les offices. Une restauration du grand-orgue eu enfin lieu pendant la Grande Guerre, de 1914 à 1917. La Maison Puget réalisa ce travail et installa une traction pneumatique tubulaire et l’orgue passa de 28 à 50 jeux. Des disfonctionnements apparurent rapidement et l’orgue tomba dans un quasi oubli.

En 1966, E. Costa revit les plans et électrifia l’instrument. À cette occasion le sommier de grand-orgue, du XVIIe siècle, disparut. L’orgue devint très vite injouable, il fallut penser à une vrai réfection à partir des années 1980.

De 1996 à 1999, une grande restauration a été entreprise sous la maîtrise d’oeuvre de Jean-Pierre Decavèle, technicien-conseil pour les orgues auprès du Ministère de la Culture. Les montres du grand orgue et du positif avaient été préservées ainsi que quelques séries de tuyaux malgré les péripéties de cet instrument depuis le XIXe siècle.

La réussite des restaurations des orgues de Villefranche-de-Rouergue et de Sainte-Croix de Bordeaux, a conduit les Monuments Historiques, après appel d’offres, à confier les travaux de restauration de l’orgue de la cathédrale de Montauban à l’entreprise de Pascal Quoirin. À cette occasion le buffet a retrouvé ses proportions d’origine puisque le soubassement du grand corps avait été diminué. Bien que petit pour les proportions de la cathédrale, l’instrument ainsi remis dans sa hauteur d’origine s’inscrit maintenant d’une manière plus séduisante, plus élégante dans l’édifice.

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