Dans l’état actuel des connaissances, l’histoire de cet instrument est aujourd’hui incertaine. Seule l’attribution et la datation de l’orgue (1801) sont assurées (en raison de la signature à l’intérieur du sommier). Autre indication, la date de 1869 que l’on trouve sur plusieurs panneaux de la partie supérieure du buffet et qui pourrait correspondre à l’installation de l’orgue dans l’église.

En effet, l’orgue d’Arreau est à l’origine un orgue de salon dont on ignore le commanditaire et la manière dont il est arrivé dans l’église d’Arreau. Ce qui est sur est qu’il a été installé en tribune, où il est resté jusqu’à ce que Jean Daldosso le démonte pour le restaurer ; ce n’est qu’à l’issue de la restauration qu’il a été décidé de l’installer dans le chœur de l’église, situation plus conforme à sa conception d’orgue de salon, et plus fonctionnelle pour l’utilisation d’un tel instrument.

L’orgue a été classé Monument Historique pour sa partie instrumentale en 1977.

Après appel d’offre, la restauration de l’orgue classé Monument Historique a été confiée à l’atelier de facture d’orgues de Jean Daldosso à Gimont (Gers). La maîtrise d’œuvre a été assurée par Thierry Semenoux, technicien-conseil agréé auprès de la Direction Générale des Patrimoines (Ministère de la Culture et de la Communication). Et la commune d’Arreau, propriétaire de l’instrument, en est le maître d’ouvrage, opération par la Conservation Régionale des Monuments Historiques dirigée à l’époque par Monsieur Louis Allemant.

L’important travail de l’équipe de Jean Daldosso a consisté à restaurer à l’identique les éléments de l’orgue parvenus jusqu’à nous (meuble, sommier, soufflets et réservoirs, mécanique de notes et tirage de jeux) et de compléter ou de reconstituer les éléments disparus à partir des quelques restes (tuyauterie, clavier, divers). Cela a entraîné un important travail d’étude et de recherche afin de restituer les éléments nouveaux dans une configuration la plus fidèle possible à la pratique de l’atelier de Jean-Baptiste Micot. Par exemple, grâce à quelques tuyaux témoins, il a été possible de retrouver la teneur exacte de l’alliage d’origine ainsi que les techniques de mise en œuvre et d’harmonisation. Ce long travail particulièrement méticuleux a été possible grâce à l’attitude très professionnelle mais aussi très modeste des facteurs d’orgues de l’atelier de Jean Daldosso. Cette restauration a été aussi l’occasion de surprises : par exemple lors du démontage du sommier (véritable «  »cœur » » de l’orgue) il a été constaté un remarquable et étonnant état de conservation pour un élément constitué de nombreuses pièces de bois dont un certain nombre mobiles après 208 années d’existence !
Arreau retrouve aujourd’hui un élément important de son patrimoine historique.