Buffet néo-gothique avec 4 plates-faces. Les 2 plates-faces centrales ont une grande claire-voie de motifs géométriques. Elles comptent 8 tuyaux chacune. Les plates-faces de côté comptent 5 tuyaux chacune. Des clochetons surmontent les pilastres. Tous les tuyaux de façade sont écussonnés.

L’orgue de Saint-Lys a été construit par Théodore Puget et Fils en 1883. Il a été muni d’un ventilateur électrique, probablement par Maurice Puget. On ne connait pas d’interventions notables dans cet instrument. Le 1er instrument avait été écrasé lors de l’effondrement de l’Église en 1877. Relevage prévu en 1982 par Bernard Raupp sans modification de l’instrument.