L’orgue du Gesu, commandé à Aristide Cavaillé-Coll, fut installé en 1864 dans la chapelle de l’école des Jésuites de la rue des Fleurs.
Il s’agit d’un orgue romantique conçu pour accompagner la liturgie, mais qui permet de jouer des pièces plus importantes. Il sert parfaitement le répertoire romantique de César Franck, Lefébure-Wély ou Boëly.
Il se distingue par la chaleur de ses sonorités et l’équilibre sonore entre les jeux. L’acoustique du lieu le met particulièrement en valeur. Son buffet est polychrome d’origine et en harmonie avec l’ensemble de l’église également polychrome. L’orgue est classé monument historique, pour sa partie instrumentale, le 24 février 1977.

L’instrument, commandé à Aristide Cavaillé-Coll pour la somme de 24.000 francs fut réceptionné et inauguré par Alfred Lefébure-Wély le 29 juillet 1864 :

« Nous pensons que l’église du Jésus possède aujourd’hui l’un des meilleurs instruments que l’on connaisse, aussi complet que possible, et répondant à tous les besoins, tant comme orgue d’accompagnement que comme orgue d’exécution.
Nous n’hésitons pas à dire que Messieurs Cavaillé-Coll ont sans doute exécuté des travaux plus considérables, mais que certainement il n’est pas sorti de leurs ateliers un instrument plus remarquable quant à la qualité des jeux et la perfection du mécanisme.  »
(Semaine Catholique du 14 août 1864).
On remarquera qu’appartenant à la période intermédiaire dans la production d’Aristide Cavaillé-Coll, tous les jeux de fonds ouverts de 8’ et 4’ sont pavillonnés (à l’exception des flûtes harmoniques), alors que les jeux plus aigus sont coupés sur le ton.
L’orgue fut relevé en 1969 par Robert Chauvin qui retira le pédalier de 20 notes et installa un pédalier neuf de 30 notes (les 10 notes aiguës en tirasse uniquement). _ Cet instrument, amoureusement entretenu par Patrice Bellet, est l’un des plus attachants de la ville.
Il est classé Monument Historique, pour sa partie instrumentale, depuis le 24 février 1977.