L’orgue de l’église Notre-Dame de la Jonquière a été construit avec son buffet par Thiebault Maucourt, facteur d’orgues à Albi (81) en 1879 pour la somme de 20 000 francs. Une importante partie des éléments fut toutefois achetée par Maucourt à Cavaillé-Coll. La console est signée « Th. Maucourt, facteur d’orgues à Albi, Exposition de 1866, Médaille de Vermeil ». L’instrument fut réceptionné et inauguré par Joseph Leybach, organiste de la Métropole de Toulouse, le 31 octobre 1880. Jean-Baptiste Puget dépose l’abrégé du clavier de Grand Orgue, et installe une transmission tubulaire pneumatique. Le tirage pneumatique s’effectuait sous les sommiers, conservant ainsi la mécanique originelle depuis la console jusqu’aux boites de commande. En 1974, des amateurs ont déposé une partie des jeux d’anches du Grand Orgue et la totalité de ceux de la Pédale qui ont été ainsi dégradés. Les travaux de restauration ont été confiés à l’atelier Bancells en février 2000 par la Direction Régionale des Affaires Culturelles de Midi-Pyrénées, Monsieur Jean-Pierre Decavèle assurant la maîtrise d’œuvre et Monsieur Georges Lartigau étant rapporteur.
L’orgue a été classé Monument Historique pour sa partie instrumentale en 1985.