L’orgue est classé monument historique pour sa partie instrumentale (2000).

L’orgue de Samatan est de style Romantique. Construit par Daublaine & Callinet il a été reconstruit près de 50 ans après par Théodore Puget. L’architecte du moment ayant oublié de prévoir l’emplacement de l’orgue, il fallut ouvrir le premier étage du clocher pour pouvoir le loger. L’instrument fut amputé de 6 jeux à cause du manque de place.
L’instrument vient d’être restauré par Léa et Gabriel Nencioli.
Le buffet, très simple, est de style néo-gothique en forme de mitre.
La console est en fenêtre avec des claviers débordants. Elle comprend deux claviers et pédalier. De part et d’autre des claviers les tirants de registres sont de section carrée avec boutons ronds et porcelaines collées. Le pédalier est à l’allemande.

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