Commandé début 1872 à Cavaillé-Coll par le Supérieur des Chapelains, le marché fut signé le 1er octobre 1872 pour la somme totale de 50 000 francs. Une polémique germa entre Cavaillé-Coll et l’architecte pour la question de l’emplacement de l’orgue. Le 6 septembre 1875, l’instrument achevé, porté de 24 à 25 jeux, était inauguré par plusieurs organistes dont Charles-Marie Widor. En 1877, le clocher de la basilique subit un violent orage, et l’orgue sera en partie inondé.

On note un relevage par Puget en 1930 qui effectue quelques modifications dans la composition. Un ventilateur électrique fut installé au cours de la première moitié du XXe siècle. En 1964 une intervention de la maison Pesce (père) aboutit à l’électrification de l’instrument et au bouleversement de la tuyauterie. L’orgue est restauré en 1982-83 par Xavier Silbermann. A cette occasion, la mécanique est reconstituée, on utilise les claviers de Cavaillé-Coll provenant de la cathédrale de Toulouse.

L’orgue fût classé Monument Historique, pour sa partie instrumentale, en 1978. Pour l’inauguration, le 25 mars 1983, l’orgue fut tenu par André Isoir.

Texte de Jean-Baptiste Dupont