Le 28 juillet 1684, le Chapitre de l’Abbaye Saint-Michel de Gaillac décide d’acheter des orgues au Sieur Salvy, marchand à Rodez. L’instrument se compose d’un grand clavier de 9 jeux, d’un cornet d’écho et d’un pédalier d’une octvae. À partie de 1755, l’orgue devient l’objet des soins attentifs de la famille Cavaillé. L’Abbé de Saint-Michel traite avec le Frère Joseph Cavaillé sa réparation et sa remise en bon état. L’orgue conserve sa composition primitive, mais le clavier est porté à 48 touches. En 1824, Dominique Cavaillé-Coll entreprend la réfection de l’instrument. Après ces travaux, la disposition de l’orgue est la suivante :
1er clavier (Positif) 54 notes : 9 jeux
2e clavier (Grand Orgue) 54 notes : 14 jeux
3e clavier (Récit) 37 notes : 6 jeux
Pédale 19 notes

En 1842, la Maison Daublaine et Callinet y fait quelques réparations. Le facteur Puget de Toulouse en assure l’entretien au cours du XIXe siècle. L’orgue subit à ce moment-là quelques modifications qui le desservent. Malgré ces quelques retouches malheureuses, l’orgue de Saint-Michel, seul témoin peu modifié de la facture des vieux Cavaillé, suscite, par la sonorité de ses jeux anciens, l’admiration des musiciens. «  »J’ai joué cet orgue avec une douce émotion » » écrit Marcel Dupré au lendemain de son passage à Gaillac. Sous l’impulsion de Xavier Darasse, rapporteur pour la Commission Supérieure des Monuments Historiques, une restauration a été réalisée par la Maison Boisseau en 1973.

En 1969, l’orgue est classé Monument Historique pour sa partie instrumentale.